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引物設計方法

發布日期:2013-08-08 16:44:02 【關閉】
摘要:
引物設計方法

Realtime PCR用引物一般設計為在目的基因50~180bp的區域進行擴增。引物的長度最好的20mer左右。不理想的引物設計一般有:①F,R引物的3’末端相互補、②引物3’末端附近GC含量較高、③引物內含有相互補的序列。
按如圖10所示設計引物,用Taq DNA polymerase進行探討,結果如圖11所示。

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從探討的結果來看,3’末端有2個堿基以上相互補的引物對,以及3’末端部分相互補且GC含量較高的引物對容易產生引物二聚體。
  與此相反,末端只有1個堿基相互補的組合,內部有相互補區域的引物則不會產生引物二聚體。但也有實驗指導手冊指出,末端只有1個堿基相互補,內部有相互補區域的引物并不理想,而當只能設計這樣的引物的時候,建議多進行幾組引物設計,最好預先試一下。
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另外,雖然也可用引物設計軟件進行設計,但通常情況下,不進行實際擴增實驗并不能知道結果,因此最好對設計好的引物組合摸索條件。

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